口袋妖怪究极日月拔电池触发时间惩罚，影响剧情吗？

3DS系统的防作弊时间惩罚机制确实非常严格，不仅仅是你提到的把电池拔下来重新安装会触发，哪怕你只是把主机系统时间往后拨一分钟然后再拨回来，系统都会判定为恶意篡改时间从而触发惩罚。所以为了游戏体验，建议尽量不要去手动调整3DS的系统时间，保持与真实时间一致是最稳妥的做法。