关于你担心的剧情进展问题，这个时间惩罚机制主要影响的是游戏内的每日事件和每日奖励结算，对于主线剧情的推进没有任何影响。你可以放心继续玩下去，不需要因为触发了惩罚而停止游戏或重开，它不会阻挡你完成任何剧情任务或挑战。
口袋妖怪究极日月拔电池触发时间惩罚，影响剧情吗？
触发时间惩罚后，游戏内的每日奖励和事件就会暂时失效，这是为了阻止玩家利用修改时间来刷取奖励。不过不用太担心，这个惩罚不是永久的，只要你在现实世界中让游戏离线运行，直到现实时间的凌晨零点过了两次，惩罚就会自动解除，恢复正常的游戏状态。
3DS系统的防作弊时间惩罚机制确实非常严格，不仅仅是你提到的把电池拔下来重新安装会触发，哪怕你只是把主机系统时间往后拨一分钟然后再拨回来，系统都会判定为恶意篡改时间从而触发惩罚。所以为了游戏体验，建议尽量不要去手动调整3DS的系统时间，保持与真实时间一致是最稳妥的做法。