在分配主从盘时，有一个性能匹配的原则。建议将读写速度更快、性能更优越的硬盘设置为主盘，因为主盘通常安装操作系统和常用软件，对速度要求较高。例如，如果有7200转和5400转两块硬盘，应优先将7200转的设为主盘。如果希望保留老硬盘上的数据而不想重装系统，可以先将老硬盘作为从盘，但需要注意盘符可能会发生错乱，此时可通过GHOST镜像备份数据，格式化后重新分区，或者调整分区策略来避免问题。
怎样设置主次硬盘？
首先，我们需要明确硬件连接的基础步骤。对于使用华硕B85主板的情况，先用数据线将作为启动的主盘连接到主板上的1号SATA接口，确保连接牢固。接着，将从盘通过数据线连接到2号SATA接口。这种物理连接方式是利用现代SATA接口的特性，不再需要像老式IDE硬盘那样去调整跳线帽来区分主从，因为SATA硬盘默认就是单设备单通道，系统会根据接口位置自动识别优先级，所以物理连接只需确保通电和数据传输正常即可。
第二种设置优先级的方法是直接在启动选项中修改启动项。在高级模式中找到“启动”选项卡，这里列出了“启动选项1”、“启动选项2”等位置。你可以点击“启动选项1”，将其修改为你想要作为主硬盘的那块硬盘；如果有多余的光驱或U盘需要作为备用启动源，也可以依次填入启动选项2、3等位置。设置完成后，务必选择“保存更改并退出”选项，这样BIOS才会记录你的设定并重启生效。
在BIOS的高级设置模式中，我们可以通过两种方式来确定主从盘即启动盘的优先级。方法一是回到CMOS主界面，在“启动顺序”一栏中，利用鼠标拖动或键盘方向键，将主硬盘拖动到列表的最顶端，确保它排在从硬盘以及其他启动设备的前面。这样做的好处是直观地控制了系统的引导路径，保证电脑每次开机都优先尝试从主硬盘加载操作系统。
安装双硬盘后，最容易遇到的问题是盘符错乱。比如原第一块硬盘有C、D盘，新加硬盘有C、D、E盘，合并后可能变成C（旧C）、D（新C）、E（旧D）... 这是因为Windows按所有主分区排完再排扩展分区的规则分配盘符。解决这个问题的一个技巧是：在对新硬盘分区时，如果可能，尝试不创建主分区，只创建扩展分区，这样盘符分配会更符合预期。或者，可以通过在PE系统中重新指派盘符来解决软件路径失效的问题，无需重装所有软件。
硬件连接好之后，下一步是进入BIOS设置界面来确认启动顺序。在开机瞬间连续按下Delete键，即可进入BIOS设置程序。进入界面后，如果默认语言不是中文，建议先在高级模式中选择语言设置为简体中文，这样更方便操作。找到“退出”或“高级模式”选项并点击进入，随后关注存储设置或启动顺序相关的菜单。这一步的目的是让主板在自检时能够正确识别哪块硬盘拥有最高启动权限。
在使用双硬盘时，还需注意硬件兼容性和散热问题。尽量选择品牌相同的硬盘，以减少因固件或协议差异导致的兼容性问题。如果开机检测不到某块硬盘，可以尝试交换主从关系或更换SATA线。此外，双硬盘并排安装时，要注意散热间隙，不要贴得太近，且不建议在双硬盘满载时进行CPU超频，以免电压不稳导致硬盘异常。正确设置后，双硬盘使用体验与单盘无异，只是盘符增多需仔细辨别。
关于老式IDE硬盘的主从设置，虽然现代SATA硬盘已不再使用跳线，但了解这一原理仍有帮助。老式硬盘通过背面的跳线帽来设置Master（主盘）和Slave（从盘）。如果两块硬盘接在同一个IDE通道上，必须设置其中一个为主，另一个为从。通常可以通过硬盘背面的跳线图指示，将跳线帽插在Master针脚上的设为主盘，插在Slave针脚上的设为从盘。不过，如果两块硬盘分别接在主板不同的IDE接口上，如IDE1和IDE2，通常不需要设置跳线，系统会自动识别。