挂接双硬盘之前，有个很重要的前提，就是先把硬盘跳线设置好。具体的跳线方法你可以参考硬盘说明书，因为不同的硬盘，跳线方式一般也不一样。如果一根IDE数据线上只接唯一一个IDE设备，比如硬盘、光驱、ZIP或者MO这些，那就不需要给这个唯一的设备设跳线了，系统会自动识别它的身份。
一般做法是把性能好的新硬盘，也就是第一硬盘，设为主盘MA（Master Device），接在第一个IDE接口（Primary IDE Connector）上。至于旧的那块第二硬盘，有几种接法：第一种，两个硬盘接在同一根数据线上，那第二硬盘要设为从盘SL（Slave Device）；第二种，第二硬盘接在第二个IDE接口（Secondary IDE Connector）上，如果这条线上只有它一个硬盘也没接光驱，那就不用跳线，如果线上还挂着光驱，一般把第二硬盘和光驱一个设主盘一个设从盘，你自己定就行。
你说的这个情况我觉得十有八九是主次引导的问题。你可以把原来插在那块硬盘上的数据线，直接插到现在正在用的这块硬盘上，或者反过来，把现在用的线挪到第一块硬盘原来的位置去试试。要是这样还进不去系统，那就翻出硬盘上的说明看看，把跳线改成master主盘模式，多半就能解决了。
然后光标移到窗口下方的On-Chip Serial ATA选项上回车，在弹出的窗口里选Combined Mode再回车；最后把光标移到Serial ATA Port0 Mode上回车，在窗口里选Primary Master再回车。这时候On-Chip Serial ATA和Serial ATA Port0 Mode就分别设为Combined Mode和Primary Master了。按F10保存BIOS设置，重启后再进Standard CMOS Features窗口就会看到，SATA硬盘占了IDE Channel 0 Master通道，PATA硬盘占了IDE Channel 1 Master通道，光驱占了IDE Channel 1 Slave通道。
顺便说下，硬盘或光驱上除了MA、SL跳线，还有个CS（Cable Select，电缆选择）跳线。如果跳线选成CS有效，那这个IDE设备的主从身份就由数据线决定了：一般接在数据线中间插头上的盘是主盘，接在末端插头上的盘是从盘。不过光有CS跳线还不行，还得对普通40芯数据线改造，就是从带颜色那一边数起，把两个主从盘插头之间的第28根线切断，千万别切到别的线，这样配合CS就能当专用数据线用。需要换主从身份时，只要把数据线接硬盘的两个插头对调一下就行，不用拆硬盘重新跳线，挺方便的。
安装双硬盘还绕不开一个“盘符交错”的问题。举个例子，假设你第一块硬盘原来有C、D、E三个分区，标记为C1、D1、E1，第二块硬盘有C、D两个分区，标记为C2、D2。一般装完双硬盘后，分区顺序就变成C－C1，D－C2，E－D1，F－E1，G－D2。你看，原来第一硬盘的D、E分区变成了E、F盘，在C和E之间嵌进了第二硬盘的C分区，这就叫盘符交错。它会导致装双硬盘之前原有的软件、链接因为路径错误没法正常工作。
避免的办法有两个：一是如果两块硬盘都有主DOS分区，可以在CMOS里只设置第一硬盘；二是只在第一硬盘上建主DOS分区，其他分逻辑分区，把第二硬盘全部划成扩展分区再在里面划逻辑分区，这样就能彻底避免盘符交错了。当然，给第二硬盘分区前一定要备份好数据，可以先按第一种方法装好双硬盘，把重要数据备份到第一硬盘，再对第二硬盘重新分区。
我个人感觉这跟主板BIOS没什么关系，多半是盘符交错闹的，它破坏了硬盘数据，导致系统启动出问题。说说双硬盘接法：把SATA硬盘的数据线接到主板的SATA1接口；PATA硬盘和光驱用一根IDE数据线连起来，PATA硬盘跳线设为主盘，接在数据线的Master端，光驱跳线设为从盘，接在Slave端，最后把这根IDE线接到主板的IDE2接口。
别急，先试试修复一下硬盘的引导记录。很多装第二块硬盘进不了系统的情况，其实根源就在引导上，把引导修复一下，估计就好了，说不定比你想的简单。
接SATA硬盘的时候要注意，有些SATA硬盘同时有传统的4针电源接口和SATA电源接口，用的时候随便选其中一个接电源就行，但绝对不要两个接口都插上电源，不然会把硬盘烧掉的。把所有硬盘和光驱的数据线按上面的方法接好，再连好电源线。接着开机进BIOS，进Integrated Peripherals设置窗口，再进OnChip IDE Device画面，把IDE HDD Block Mode、On-Chip Primary PCI IDE、On-Chip Secondary PCI IDE三个选项设为Enabled，其他8个选项全设成Auto。
要是系统开机的时候弹出提示让你格式化，那你就格式化呗，别犹豫。具体操作是打开我的电脑，右键进管理，再进磁盘管理，在里面选中你那块并口硬盘，格式化之后就能正常用了。