一个电脑里两个硬盘分区可以是不同格式吗

完全可以，一台电脑里的两块硬盘甚至同一个硬盘的不同分区，都可以使用完全不同的文件系统格式。比如主系统盘用NTFS，而用来存储资料的副硬盘格式化为exFAT，它们可以共存并正常工作，互不影响。