既然你能进PE环境，备份数据其实非常容易，不用太担心资料丢失。我建议你下载一个驱动大师之类的工具，先检测一下硬件状态，尝试重新安装一下键盘和鼠标的驱动程序。很多时候驱动冲突或损坏会导致这种症状，重装驱动比重装系统省事多了。
Win7开机后键盘鼠标失灵怎么办？
我看了一下，很有可能是BIOS设置里不小心关闭了USB键盘支持功能。你可以重启电脑进入BIOS界面，找到相关设置项，把USB支持开启，保存退出看看能不能解决问题。毕竟在PE下是正常的，说明硬件没坏，很可能是软件或设置层面的冲突。
如果你不想用鼠标，其实纯键盘操作也能搞定。你可以尝试用Tab键切换焦点，配合右侧Ctrl键左边的键呼出右键菜单，卸载掉所有的鼠标驱动，然后重启电脑。这个方法虽然稍微麻烦一点，但对于懂电脑的人来说并不难操作，值得一试。
如果以上方法都不行，那可能得考虑稍微麻烦点的方案了。你可以再买一块硬盘装上纯净版的Win7，注意分区时要做好4K对齐，千万别用那种来路不明的Ghost版本。装好后把原来的系统盘挂成从盘，这样就能在新系统里处理旧系统的问题了。
这个问题我也遇到过，其实不用急着重装系统。你可以找一套老式的PS/2接口键盘鼠标插上，进入系统后打开设备管理器，你会看到USB控制器驱动全都有黄色感叹号。这时候只要把这些USB设备删掉，让系统自动重新搜索安装驱动，一般就能恢复正常了。